我国工业软件自主创新存在三大“壁垒”，一是工业知识和技术“物化”能力弱，难以突破“累积效应”壁垒。
一方面，工程实践和工业知识沉淀不足，知识提取、技术“物化”和积累集成的能力薄弱，知识复用性不高；另一方面，同时掌握工艺知识、工程技术、软件工程以及系统集成等专业知识的交叉学科与复合型创新人才极其匮乏，严重制约了工业软件的创新研究。
二是软件系统迁移成本巨大，构成“锁定效应”壁垒。也就是说，企业更换软件系统过渡成本高昂，若在既有研发体系、管理模式、业务流程等方面做相应的改变，就要克服国内软件与已使用的国外软件之间的兼容问题，又要在功能和技术上创新超越，还要确保平稳过渡，难度。
三是平台化系统集成难，构成“生态效应”壁垒。我国工业软件自主研发缺乏足够内在源动力，长期“轻软重硬”，现在一些商品化的软件产品难以为用户提供整体解决方案。国外自动化领域的通过资本并购或研发等方式加快布局工业软件集成平台，以垄断智能制造和数字化转型市场，这也给国内软件厂商带来了很大压力。
